Die beschriebenen Differentialgleichungen werden ergänzt durch die Randbedingungen:
Randbedingung 1. Art: Vorgabe von festen Konzentrationen (Attribut 1KON):
Randbedingung 2. Art: Vorgabe eines diffusiv-dispersiven Massenflusses auf dem Rand. Die nahezu ausschließliche praktische Anwendung besteht jedoch darin, den Rand für Diffusion und Dispersion undurchlässig zu machen, so dass gilt:
(N bezeichnet die nach außen weisende Normale zum Modellrand).
Das Gleichungssystem ist nur lösbar, wenn an mindestens einem Knoten eine Randbedingung 1. Art definiert ist
Für eine instationäre Stofftransportgleichung müssen im gesamten Modellgebiet Anfangsbedingungen für den Startzeitpunkt vorgegeben werden:
Anfangsbedingung: Anfangskonzentration für den Startzeitpunkt t0 der instationären Rechnung (Attribut AKON):